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À quoi ressembleront les probiotiques de demain ?
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Les probiotiques de demain
Le microbiote, c’est tout un monde. Mais parmi les différentes colonies de bactéries qui le peuplent, lesquelles sont nos ennemies, nos amies ? Pourquoi faut-il les équilibrer, et comment s’y retrouver dans l’offre de prébiotiques, cobiotiques, probiotiques, etc.? Voyage au cœur d’un écosystème qui n’en finit pas de nous étonner.
La tendance actuelle de la recherche sur les probiotiques est d’utiliser des bactéries issues du microbiote humain, de leur permettre de se déployer dans l’intestin et de rétablir directement les bactéries manquantes dans les niches prévues, ce que ne font pas les probiotiques actuels.
Des probiotiques OGM, mieux encapsulés ou combinés ?
Les efforts se concentrent sur Akkermansia muciniphila et Faecalibacterium prausnitzii, extrêmement prometteuses pour la santé humaine. Le principal obstacle à cette stratégie est que la majeure partie des bactéries symbiotiques sont anaérobies, c’est-à-dire qu’elles vivent en l’absence d’oxygène, ce qui rend très délicat leur conditionnement.
Il est possible de rendre ces bactéries capables de supporter l’oxygène en les modifiant par génie génétique. Le Pr Joël Doré « n’imagine pas que les probiotiques OGM se développent rapidement, mais les produits biothérapeutiques vivants, très certainement ». Récemment définis par les autorités de santé américaines et européennes, ces micro-organismes à vocation thérapeutique devront emprunter le parcours plus long et plus coûteux du développement d’un médicament, avec à la clé l’autorisation de mise sur le marché. Des bioingénieurs s’activent autour de différentes méthodes d’encapsulation.
Des revêtements à base d’une combinaison de micronutriments pourraient protéger les bactéries jusqu’aux portes de l’intestin. Le biomimétisme, art de s’inspirer de ce que la nature fait de mieux, offre des solutions d’une tout autre dimension, comme l’utilisation de microparticules de soie pour former une capsule de transport.
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Le spectre de l’antibiorésistance
« Les antibiotiques, c’est pas automatique ! » Malgré les démarches incitatives qui ont eu un effet temporaire, la résistance aux antibiotiques continue à inquiéter. Elle tue 30 000 personnes chaque année en Europe et pourrait faire davantage de dégâts dans les années à venir.
« Il existe des solutions mais elles ne sont pas mises en œuvre », s’agace le Pr Joël Doré. Pourtant, l’État prend la menace très au sérieux et finance des projets d’envergure, comme le projet Phag-One, qui vise à développer des virus bactériophages capables d’éradiquer de manière ciblée les bactéries pathogènes, sans effets collatéraux sur les bonnes bactéries ou sur nos cellules. D’autres stratégies visent à renforcer la concurrence des bactéries symbiotiques avec les pathogènes résistants.
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Vers une « permaculture » intestinale
L’agriculture intensive ne cultive qu’une seule espèce par parcelle, ce qui appauvrit les sols et les rend vulnérables aux bactéries opportunistes, obligeant à l’usage de pesticides. Tandis que la permaculture se pense d’abord en écosystème : comment cultiver ensemble plusieurs espèces qui s’entendent bien, se protègent et se potentialisent mutuellement ? C’est le même enjeu pour entretenir l’écosystème intestinal, qui est lui aussi un vaste réseau où tout est interconnecté et interdépendant. Il n’existe pas un seul métabolite produit par un micro-organisme qui ne serve à un autre. Le plus gros challenge à venir est d’apprendre à exploiter pleinement le potentiel collectif de l’ensemble de l’écosystème. De nombreux acteurs des biotechnologies s’y emploient activement.
La force de l’écosystème
Une culture en écosystème se montre beaucoup plus solide face aux aléas naturels. C’est ce que le statisticien Nassim Nicholas Taleb (cf. AS n° 104) nomme l’antifragilité, plus précisément l’aptitude d’un système à se renforcer lorsqu’il est exposé à des perturbations ou des chocs majeurs. Nous savons aujourd’hui que l’usage abusif d’antibiotiques et d’anti- inflammatoires, en appauvrissant le microbiote et en perturbant sa chaîne de communication, nous rend plus vulnérables aux maladies. On pourrait à l’inverse concevoir des traitements qui s’appuient sur les propriétés essentielles des systèmes biologiques au point de s’y intégrer parfaitement. Les échanges de gènes qui se font à un rythme infernal entre les micro-organismes et nos cellules permettent à l’écosystème d’apprendre pour s’adapter. Soutenir cela devrait être le fondement de toute action de santé.
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La transplantation de microbiote fécal, « great reset »* du microbiote intestinal
Certains microbiotes sont trop profondément perturbés pour rétablir l’équilibre par des antibiotiques, des huiles essentielles ou des probiotiques.
La transplantation de microbiote fécal (TMF) consiste en l’introduction des selles d’un donneur sain dans le tube digestif d’un patient receveur afin de repartir sur de bonnes bases.
C’est l’écosystème entier qui est importé. Initialement utilisé pour éradiquer la bactérie Clostridium difficile, ce procédé est à l’étude pour de nombreuses maladies.
* Grande réinitialisation
Références bibliographiques 
En aucun cas les informations et conseils proposés sur le site Alternative Santé ne sont susceptibles de se substituer à une consultation ou un diagnostic formulé par un médecin ou un professionnel de santé, seuls en mesure d’évaluer adéquatement votre état de santé
Super microbiote, le guide complet des prébiotiques et des probiotiques (Dr Daniel Sincholle)
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