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Phagothérapie : un bouillonnement de recherches et de start-up
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Phagothérapie : un bouillonnement de recherches et de start-up
Utilisée depuis plus de cent ans, abandonnée par les pays occidentaux dans les années 1940 au profit des antibiotiques, la phagothérapie – ou l’usage de virus tueurs de bactéries – revient sur le devant de la scène. Elle reste pourtant encore inaccessible à la majorité de ceux qui souffrent d’infections résistantes aux antibiotiques. Pourquoi ?
Les bactéries sont naturellement assaillies par les phages depuis des milliards d’années. Pour s’en protéger, elles ont appris à se transformer ou à muter. Objectif : empêcher les phages de les infecter. Elles sont par exemple capables de modifier leur paroi pour masquer les sites récepteurs sur lesquels les phages s’accrochent. Et pour rendre plus compliquée l’attaque par les phages, elles peuvent aussi se débarrasser de certaines de leurs fonctions essentielles, comme leurs " pilis ", des poils qui les aident à se déplacer, ou encore certaines de leurs enveloppes protectrices.
Des bactéries résistantes aux phages : l'obstacle principal à la mise au point de traitements par phagothérapie
Ce sont en effet autant de surfaces auxquelles les phages s’accrochent pour les infecter. Cette capacité à devenir " résistantes aux phages " est un obstacle majeur à la mise au point de traitements de phagothérapie " standards " et permanents. Deux options s’offrent aux scientifiques pour résoudre ce problème :
• le traitement " sur mesure ", qui consiste à identifier les phages ciblés spécifiquement sur la bactérie infectant un patient. On procède alors au cas par cas ; cette approche est longue, fastidieuse et coûteuse, et ne permet pas une utilisation de la phagothérapie à grande échelle ;
• le " cocktail de phages ", composé de plusieurs phages qui agiront sur des populations de patients infectés par différentes souches bactériennes. C’est l’approche utilisée en Géorgie avec les cocktails de phages vendus en pharmacie. Cette approche, plus aléatoire, demande une mise à jour permanente des cocktails.
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Le B.A.BA de la culture… de phages
Pour identifier et récolter des phages d’une bactérie pathogène quand on a peu de moyens, rien de plus simple. On prélève un échantillon d’eau sale, on la filtre pour retirer tous les éléments dont la taille est supérieure à celle d’un phage, on étale ce que l’on a recueilli (les différents phages) dans une boîte de gélose contenant la bactérie pathogène en culture et on laisse agir. Si de minuscules trous apparaissent sur le tapis bactérien, c’est qu’un phage a attaqué les bactéries et s’est multiplié. Il suffit alors de prélever sa colonie.
Trouver, sélectionner et entraîner les phages : un véritable casse-tête
Que le traitement soit sur mesure ou sous forme de cocktails, il implique, pour être validé par les autorités sanitaires, d’aller chercher des phages dans l’environnement ou d’en emprunter aux différentes collections existant dans le monde. Il s’agit ensuite de les tester, de sélectionner les meilleurs, de les caractériser génétiquement, puis de mener des essais cliniques.
La production de phages demande aussi de les multiplier sur des cultures de bactéries hôtes. Il faut aussi tenir compte du fait que ces dernières peuvent contaminer les solutions finales de phages par des toxines ou des fragments bactériens susceptibles d’entraîner des réactions ...
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Références bibliographiques 
Scaling Phage Therapy, Asimov press, février 2024.
"Actionable prediction of Klebsiella phage-host specificity at the subspecies level", Research Square, juillet 2023 [preprint].
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